学院建院之初，经学校批准设立数学系、物理系、生物系、地理系4个系和数理部5个教学单位，共设20个教研室。其中数学系下设数学分析教研室、代数几何教研室、函数论教研室、算法统计教研室、数学教材教法教研室5个教研室；物理系下设理论物理教研室、普通物理教研室、物理综合教研室、电子学教研室4个教研室；生物系下设植物学教研室、动物学教研室、生物综合教研室3个教研室；地理系下设自然地理教研室、区域地理教研室、地理综合教研室、地理教材教法教研室4个教研室；数理部下设数学第一教研室、数学第二教研室、物理第一教研室、物理第二教研室4个教研室。

2003年4月9日，按佳大发[2003]96号文件要求，学院设办公室、学生工作办公室（团委）、教科办三个科级机构和数学系、物理系、生物科学系、资源与环境科学系、基础数学教研部、基础物理教研部六个教学机构。

2004年6月，学校机构调整，取消物理综合教研室、物理第一教研室、物理第二教研室；新增物理教材教法教研室，生物技术教研室、分子生物学教研室。生物系整体并入新成立的生命科学学院。

2008年11月28日，按佳大发[2008]44号文件要求，机构调整后，学院设办公室、学生工作办公室*团委、教科办三个科级机构，数学系、物理系、资源与环境科学系、基础数学教研部、基础物理教研室5个教学机构和专业物理实验室、基础物理实验室、地理学实验室、数学实验室4个实验室。数学系下设数学分析教研室、代数几何教研室、计算统计教研室、数学材料教学教研室4个教研室。物理系下设理论物理教研室、普通物理教研室、物理教材教法教研室三个教研室。资源与环境科学系下设自然地理教研室、人文地理教研室、地理教材教法教研室3个教研室。基础数学教研部下设大学数学第一教研室、大学数学第二教研室。基础物理教研部下设大学物理教研室。

2009年3月16日，学院设置应用数学研究所、光电子材料研究所、资源与环境科学研究所三个校级科研机构。

2011年，为配合做好新专业开设工作，资源与环境科学系自然地理教研室、人文地理教研室整合为地理科学教研室、环境科学教研室两个教研室。

2013年5月21日，按照佳大发[2013]18号文件要求，8188www威尼斯部分教研室调整，数学系原分析教研室、代数几何教研室、计算统计教研室、数学教育教研室等4个教研室整合，成立基础数学教研室、应用数学教研室2个教研室；物理系原理论物理教研室、普通物理教研室、物理教育教研室整合，成立普通物理教研室、应用物理教研室2个教研室；撤销资源与环境科学系的地理教育教研室。

2015年12月，学校决定，基础物理教研部不再设立教研室。

2016年1月，学院设立物理实验中心（下设专业物理实验室和基础物理实验室2个实验室）；资源与环境科学实验中心（下设地理科学实验室和环境科学实验室2个实验室）；数学实验中心（下设专业数学实验室和基础数学实验室2个实验室）。

2017年11月，数学实验中心撤销下设的专业数学实验室、基础数学实验室；物理实验中心撤销下设的专业物理实验室、基础物理实验室；资源与环境科学系更名为环境科学系下设环境科学教研室、地理科学教研室；资源与环境科学实验中心更名为环境科学实验中心。

2019年，学院整合数学系和基础数学教研部成立新的数学系，下设代数几何教研室、分析函数教研室、应用统计教研室、数学教育教研室4个教研室；整合物理系和基础物理教研部成立新的物理系，下设普通物理教研室、应用物理教研室、物理教育教研室3个教育室。行政科级机构在原有三办的基础上，增设学科办。形成学院现有的三系四办三中心的架构。