环境科学系前身是成立于1982年的地理系，1997年获批为黑龙江省重点建设专业，1999年由专科升为本科专业，同年，资源环境与城乡规划管理专科专业成功获批，2009年资源环境与城乡规划管理专科专业停招，2012年开始招收环境科学专业本科生，形成了地理系下设地理科学和环境科学两个本科专业。地理科学专业2009年获批校级特色专业，2020年获批校级一流本科专业建设点，2021年列入黑龙江省本科一批次招生计划，同年获批省级一流本科专业建设点。2017年经学院论证将地理系更名为环境科学系。目前环境科学系共有专任教师18人，实验教师4人。其中博士3人，硕士学位12人，具有副高以上职称的教师5人，外聘基础教育兼职教师6人。两个专业每年招生近100人，截止2022年，共培养专科生802人、本科毕业生2600人。2015年地理科学专业获批学科教学（地理）专业硕士点，硕士研究生导师7人，学术带头人1人，目前在校学科教学（地理）硕士研究生18人。设有天文观测馆，地理信息系统实验室，普通地质学、土壤学实验室和测量学实验室。实验室面积310平方米，实验设备总值142.86万元，能满足本科教学和硕士教学的需要。设置秦皇岛地质野外实习，自然地理综合野外实习，大连人文地理野外实习三个长途实习基地，与佳木斯周边34所中学签署实习基地协议，其中12所本市学校。各项办学条件完备，基本满足专业教学需求。环境科学专业设有环境监测、环境微生物、水污染处理三个实验室，实验室面积385平方米，专业长期与佳木斯市生态环境局、佳木斯市东区污水处理厂、佳木斯市发电厂以及青岛华测股份有限公司建立实习实训及就业基地。2017年环境科学专业获批生物物理学硕士办学点，现有硕士导师8人，已经培养11名硕士研究生，目前在校生9人，学科办学发展良好。

近五年来，环境科学专业教师共发表教科研论文近200篇，其中SCI、EI检索近30余篇，CSCD论文20余篇。主持和参与教科研课题60项，大学生创新创业项目10余项。出版规划教材9部、百佳出版社教材11部、专著3部，获批实用新型专利近20项。

地理科学专业学生34人次参加全国师范生微课大赛、“经纬杯”全国地理知识竞赛、全国大学生GIS大赛、高校地理师范生教学交流展示大赛、全国研学课程设计等大赛获奖。环境科学专业学生先后获得全国大学生数学建模竞赛奖励2人次，全国生命科学竞赛三等奖1人次，黑龙江省生命科学竞赛二等奖1人次，三等奖2人次。环境科学专业学生考研率一直位列学院前茅，人才培养质量得到全面提升。